В июле 1941 г. постановлением СНК Гражданский воздушный флот (ГВФ) передавался в оперативное подчинение НКО СССР, из его региональных управлений сформировано шесть АГОН (авиационных групп особого назначения).
Приказом от 9 июля 1941 г. личный состав ГВФ, зачисленный в особые авиагруппы, считался призванным в РККА, принял присягу, был зачислен в кадры.
В мае 1942 Главное Управление ГВФ подчинено командованию ВВС.
В ноябре 1942 года в ГВФ введена полковая система. Всего осенью 1942 сформировано девять отдельных авиаполков ГВФ, 1-я тад ГВФ и 3-я оад связи ГВФ.
Полки ГВФ первоначально состояли из транспортно-бомбардировочных, санитарных и эскадрилий связи по 20 одномоторных с-тов в каждой, и транспортных звеньев (отрядов) двухмоторных самолетов. Полки были распределены по одному на фронт и подчинялись командующим воздушными армиями. Еще три оап ГВФ сформированы в апреле-августе 1943.
Документально 22.08.1943 ГВФ переведен в подчинение командования АДД, а фактически переподчинение произошло еще в июле 1943 г. В 1944 г. проведено изменение нумерации авиаполков, и с 30.11.1944 г. части ГВФ переведены на штаты, аналогичные частям ВВС.
Авиаполки ГВФ расформированы в 1946 г.
Всего за годы войны стали гвардейскими одна ад, четыре оап, одна аэ ГВФ, 12 частей получили почетные наименования, семь - ордена, две ад - ордена. 15 летчиков стали ГСС.

Дивизии ГВФ

Полки ГВФ